Казахский мыслитель, ученый, государственный и общественный деятель. Родился в городе Акмечеть (нынешний г. Кызылорда). Он внук Торгайского правителя, сын бека Ер Шокая, по материнской линии происходит от Хивинских казахских ханов.

Начальное образование Мустафа получил у своих родителей, затем с отличием окончил русскую гимназию в Ташкенте и юридический факультет Петербургского университета.

Когда в 1912 году вспыхнула турецко-балканская война, он активно участвовал в обществе поддержки Турции. Мустафа Шокай был единственным представителем тюркских народов в политическом бюро мусульманской фракции Госдумы. М. Шокай сыграл решающую роль в принятии решения комиссии по проверке зверской расправы казаков с участниками восстания 1916 года. Мустафа также возглавлял на Курултае комиссию представителей "Защиты прав тюркских народов".

Когда к власти пришло Временное правительство, А. Ф. Керенский предложил М. Шокаю министерский портфель, но Мустафа отказался. Февральская революция 1917 года подвела группу М. Шокая к идее создания национальной автономии в составе единой Туркестанской федерации. Но Временное правительство было против самоуправления тюркских народов.

В марте 1917 года М. Шокай возглавил Мусульманский центр, образованный на Конгрессе мусульман в Ташкенте. Мусульманский центр тоже начал готовиться к созданию автономии. Октябрьскую революцию 1917 года туркестанцы приняли с радостью, но эта радость была недолгой, так как Советская власть была решительно против Туркестанской автономии.

22 ноября 1917 года в Коканде прошел Всетуркестанский конгресс всех политических партий и движений, на котором было оглашено создание Кокандской автономии. Президентом автономии был избран Мустафа Шокай. В декабре этого года он вошел в состав правительства "Алашорды". В январе 1918 года вооруженные рабочие отряды и красногвардейцы захватили Коканд, и М. Шокай уехал в Грузию. Там он активно помогал демократическим движениям кавказских народов.

В 1920 году, когда Красная армия вошла в Грузию, М. Шокай переселился в Турцию, через Берлин перебрался во Францию, где и обосновался. Находясь в эмиграции, с целью просвещения находящихся под советским игом народов Туркестана, организовал выпуск журналов и газет. В этих изданиях, выпускавшихся в Стамбуле, Париже, Берлине, Лондоне, Варшаве, публиковались статьи о Средней Азии, теоретические исследования, исторические и политические обзоры. Журналы "Новый Туркестан" и "Молодой Туркестан" печатались также в Стамбуле, Берлине.

В самом начале Великой Отечественной Войны М. Шокай был арестован и отправлен в концлагерь Компьен под Парижем. Через 2 недели его освободили, но он не долго побыл дома. Его привезли сначала в Германию, потом в Польшу и Украину, где организовывались встречи с пленными туркестанцами. В одном из лагерей 27 декабря 1941 года он умер.

Гуманист-мыслитель, демократ, энциклопедист, просветитель Мустафа Шокай освещал проблемы истории и культуры народов Средней Азии и Казахстана, свободно владел английским, французским, немецким, турецким и арабским языками. Всю свою жизнь он посвятил борьбе за правду, защите чести народов Средней Азии и Казахстана. До самой смерти сердце Мустафы Шокая билось вместе с родным народом.