Қазақ ойшылы, оқымысты, мемлекет және қоғам қайраткері. Ақмешіт (қазіргі Қызылорда) қаласында дүниеге келді. Ол - белгілі Торғай датқаның немересі, Ер Шоқай - бектің ұлы. Нағашылары Хиуадағы қазақ хандары тұқымынан.

Мұстафа бастауыш білімді ауылда ата-анасынан алады. Осыдан соң Ташкенттегі орыс гимназиясын және Петербург университетінің заң факультетін үздік бітіріп шығады.

1912 жылы түрік-балқан соғысы бұрқ ете қалғанда, ол Түркияны қолдау қоғамына белсене араласты. Мұстафа Шоқай Мемлекеттік Думаның Мұсылман фракциясы Саяси бюросында Түркістан халықтарының бірден-бір өкілі болды. Думаның 1916 жылғы көтеріліске қатысушыларды жазалаушы казактардың айуандық әрекеттерін тексеру үшін комиссия құру туралы шешім қабылдауы барысында М. Шоқай шешуші рөл атқарды. Мұстафа, сондай-ақ, Құрылтай жиналысындағы "Түркістан халықтарының құқығын қорғау" жөніндегі өкілдер комиссиясын басқарды.

Өкімет басына Уақытша үкімет келген соң, оның басшысы А. Ф. Керенский М. Шоқайға министрдің портфелін ұсынады, бірақ Мұстафа бұл ұсыныстан бас тартады.

1917 жылғы Ақпан төңкерісі М. Шоқай тобының Түркістанда біртұтас Түркістан федерациясы құрамындағы ұлттық автономиялар құруға дайындалуына ықпал етті. Бірақ Уақытша үкімет Түркістан халықтарының өзін-өзі билеуіне қарсы шықты.

1917 жылдың наурызында М. Шоқай Ташкенттегі Мұсылмандар конгресінде құрылған Мұсылман орталығын басқарды. Мұсылман орталығы да автономия құруға әзірлене бастады.

1917 жылдың Қазан төңкерісін түркістандықтар қуана қарсы алды. Бірақ бұл қуаныш ұзаққа созылған жоқ, Кеңес өкіметі де Түркістан автономиясына үзілді-кесілді қарсы болатын.

1917 жылдың 22 қарашасында Қоқанда барлық саяси партиялар мен қозғалыстардың Бүкілтүркістандық конгресі өтіп, онда Қоқан автономиясының құрылғандығы жария етілді. Оның президенті болып Мұстафа Шоқай сайланды. Осы жылдың желтоқсанында М. Шоқай "Алашорда" үкіметінің құрамына кіреді.

1918 жылдың қаңтарында қарулы жұмысшы отрядтары мен қызылгвардияшылар Қоқанды шабуылмен басып алған соң, М. Шоқай Грузияға кетті. Онда ол Кавказ халықтарының демократиялық қозғалысына белсене ат салысады.

1920 жылы қызыл әскер Грузияға кіргенде, М. Шоқай Түркияға қоныс аударды, одан әрі Берлин асып, кейін Францияда тұрақтады. Эмиграцияда жүріп М. Шоқай кеңестік езгідегі Түркістан халықтарының өмірін көрсетуге арналған журналдар мен газеттер шығаруды ұйымдастырып, олардың жұмысына белсене араласады. Стамбұл мен Парижде, Берлин мен Лондонда, Варшавада ол Орта Азия туралы мақалаларын, теориялық зерттеулерін, тарихи және саяси шолуларын жариялады. Ол ұйымдастырған "Жаңа Түркістан" және "Жас Түркістан" журналдары тиісінше Стамбұл мен Берлинде басылып тұрды. Ұлы Отан соғысы басталысымен М. Шоқай тұтқындалып, Париж түбіндегі Компьен концлагеріне жіберіледі. Осында екі апта ұсталған ол кейіннен босатылады. М. Шоқай үйінде ұзақ бола алмайды. Оны әуелі Германияға, кейіннен Польшаға және Украинаға әкеліп, тұтқынға түскен түркістандықтармен жүздестіріледі. Лагерьлердің бірінде қазақтың ардагер ұлы 1941 жылдың 27 желтоқсанында дүниеден өтті.

Гуманист-ойшыл, демократ, энциклопедиялық білім иесі Мұстафа Шоқай ағартушы, Орта Азия мен Қазақстан халықтары тарихы мен мәдениетінің жоқтаушысы болды, ағылшын, француз, неміс, түрік және араб тілдерін өте жетік меңгерді. Бүкіл ғұмырын ол Орта Азия мен Қазақстан халықтарының ар-абыройын қорғауға, шындық үшін күреске арнады. Оның жан-жүрегі өле-өлгенше туған халқымен бірге болды.